Para além da mudança de protagonista, a ação também muda de lugar. A primeira temporada teve a sua ação passada, maioritariamente, no Médio Oriente e, a segunda temporada irá focar a sua trama na África Subsariana, mais concretamente, no Mali. A estreia dos novos episódios acontece a 13 de maio, a partir das 22h15, em episódio duplo.

Depois de uma operação malsucedida no Médio Oriente, o Deep State [membros influenciadores de agências governamentais ou militares, envolvidos na manipulação secreta ou controlo de políticas governamentais] vira a sua atenção para a África Subsariana e luta para saquear os seus recursos naturais. Esta é a primeira guerra suja sobre a energia limpa. A trama desta segunda temporada também irá explorar as histórias originais das personagens preferidas da primeira temporada, incluindo a de Harry Clarke (Joe Dempsie).

Acompanhando as personagens que vieram da primeira temporada – Harry Clarke, (Karima McAdams), (Alistair Petrie), (Anastasia Griffiths) – a série apresenta novas personagens recorrentes: Meaghan Sullivan (Victoria Hamilton), uma senadora republicana da América que está determinada a trazer à luz as atividades ilícitas do Deep State; Aicha Konaté (Lily Banda), uma assistente social maliana com o objetivo de melhorar as coisas no seu país; e a ex-mulher de Nathan Miller, interpretada por Shelley Conn. A segunda temporada de ‘Deep State’ terá uma antestreia no FOX+ uma semana antes da sua estreia oficial em Portugal e é feita de oito episódios.